La storia inizia con un faccia a faccia tra due eroi rivali, ZET e ALPHAS, e poi ripercorre le loro origini: Jin Kanzaki, un giovane con la capacità di trasformarsi in un essere sovrumano noto come ZET, e Kouga Amagi, un giovane con un forte senso della giustizia che usa la tecnologia per combattere come ALPHAS. I destini di questi due uomini e di coloro che li circondano si intrecciano mentre combattono per proteggere l'umanità e distruggere mostruosi abomini noti come Giocatori, che ironicamente sono le creazioni della Amagi Corporation, la società fondata dal nonno di Kouga, Mitsugai Amagi.