Ambientato sei mesi dopo gli eventi del manga originale di Yu-Gi-Oh!, Yugi Muto e i suoi amici frequentano l'ultimo anno di liceo e parlano di ciò che faranno in futuro. Nel frattempo, Seto Kaiba ha commissionato uno scavo per recuperare il Puzzle del Millennio smontato dalle rovine della camera del Millennio. L'oggetto aveva precedentemente ospitato l'anima del suo rivale, Atem, che spera di far rivivere per regolare i conti. Lo scavo viene interrotto da un uomo misterioso, che affronta Kaiba in una partita di Duel Monsters e ruba due pezzi del Puzzle recuperato. Qual è il suo secondo fine? La posta in gioco non è mai stata così alta, le rivalità non sono mai state così feroci, i rischi non sono mai stati così grandi.