Totto-chan è una bambina di sei anni senza peli sulla lingua ed una curiosità fuori dal comune che non riesce a sottostare alle regole imposte dalla maestra della sua scuola. Questo comportamento la porta ad essere espulsa dopo pochi giorni ed i genitori decidono di iscriverla alla Tomoe, una scuola situata in un vagone del treno con un approccio veramente particolare nell'insegnamento. Qui i ragazzi apprendono attraverso il gioco e toccheranno diversi aspetti della vita come il rispetto di se stessi e degli altri, il piacere dello studio, la musica, l'amicizia, l'autonomia, l'accettazione delle sconfitte oltre a scoprire anche cose come l'intolleranza e la perdita delle persone care. Una scuola che cambierà totalmente la vita di Totto-chan, fino a quando non arriverà la Seconda Guerra Mondiale a sconvolgere tutto questo...