Nella storia del film, poco prima del completamento dell'ascensore spaziale di Academy City "Endymion", i personaggi principali Kamijou e Index incontrano una ragazza di livello 0 di nome Arisa. I Maghi sono sulle tracce di Arisa e attaccano Academy City. Una leader donna di nome Shattoaura guida un'unità di Academy City contro l'attacco. Kamijou e Index apprendono da Stiyl che Arisa è la chiave di una guerra in corso tra le parti della Magia e della Scienza.