Index è ancora una fuggitiva, e molte potenti organizzazioni magiche e individui vogliono portarla a usare i libri nella sua memoria, eliminandola nel processo. Anche la guerra tra queste organizzazioni sta iniziando ad emergere. Index può contare solo sul suo amico Touma, che l'ha sempre protetta, insieme a Misaka e ad altri amici dell'Accademia.