Il secondo cour di SYNDUALITY Noir. Nonostante siano tornati vittoriosi da una lotta pericolosa, Kanata e i suoi amici hanno, in un certo senso, perso un alleato chiave, il mago amnesico Noir. Dopo aver parzialmente recuperato la memoria, Noir tornò alla sua precedente personalità: quella di Mystere, che si comporta in modo paternalistico nei confronti del suo padrone Kanata. Tuttavia, Mystere ricorda di aver rilevato un segnale da Histoire, una città mistica, durante la sua vita precedente come magus artificialmente intelligente. Nel frattempo, Tokio scompare da Rock Town mentre dà la caccia ai fantasmi del suo passato; Tuttavia, rivelazioni scioccanti lo attendono man mano che la sua ricerca si addentra. Mentre Kanata, la sua amica d'infanzia Ellie e la diva magus Ciel partono per Histoire, un'organizzazione ostile chiamata Ideal invia degli assassini dietro di loro. Se Kanata vuole avere una possibilità di realizzare il suo sogno, deve scoprire la spiacevole verità su Ideal e su alcuni dei suoi più stretti alleati.