È metà dicembre e il capo della Brigata SOS Haruhi Suzumiya annuncia che la Brigata terrà una festa di Natale nella loro sala del club, con spezzatino giapponese per cena. I membri della brigata Kyon, Yuki Nagato, Mikuru Asahina e Itsuki Koizumi iniziano a preparare tutto per la festa, come i costumi e le decorazioni. Ma un paio di giorni dopo, Kyon arriva a scuola solo per scoprire che Haruhi è scomparsa. Non solo, ma Mikuru afferma di non aver mai conosciuto Kyon prima, anche Koizumi è scomparso e Yuki è diventata l'unico membro del club di letteratura. La Brigata SOS sembra non essere mai esistita, così come Haruhi Suzumiya. Nessuno nella scuola ha mai sentito parlare di lei... tranne Kyon.