Aoi Nagisa si trasferisce in una delle tre scuole cattoliche femminili affiliate sulla collina di Astraea, la St. Miator's Girls' Academy. Lì, scopre una comunità di compagni di scuola intrecciati in un'intricata gerarchia, in cui due Etoiles rappresentano le tre scuole. Per adattarsi, Nagisa deve andare a lezione, unirsi ai club e fare nuove amicizie. Nel frattempo, Shizuma Hanazono, l'unica Etoile di Astraea Hill, si ritrova attratta da questo nuovo, entusiasmante studente trasferito. Mentre Shizuma e Nagisa si conoscono, Shizuma decide finalmente che è giunto il momento di affrontare il suo passato travagliato.