La serie è incentrata sulle avventure di un gruppo di amici che, modificando un apparecchio a microonde, riescono a creare un congegno in grado di mandare messaggi nel passato. Tuttavia, le loro sperimentazioni non passeranno inosservate perchè esse rappresentano un punto di partenza per la creazione della macchina del tempo e nel giro di breve tempo un organizzazione inzierà a dar loro la caccia con lo scopo di appropriarsi di queste scoperte e sfruttarle per i loro interessi. Per Rintaro Okabe e i suoi amici inizierà un’estenuante caccia all’uomo a cui i ragazzi tenteranno di sfuggire in tutti i modi, anche alterando il tempo.