Shy è cresciuto un po' dopo aver combattuto contro gli "Amalareik", guidati dal misterioso ragazzo Stigma. Quando torna in Giappone, incontra una ragazza di nome Ai Tennouji che è scappata dal suo villaggio ninja. Ai dice a Shy che ha lasciato il villaggio per inseguire un membro degli "Amalareik". Nel frattempo, si verifica un incidente in cui Tokyo viene improvvisamente avvolta in una palla nera e scompare. Gli eroi vengono inviati a salvare Tokyo.