La storia è ambientata quattro anni dopo gli eventi dell'anime originale di Shirobako. Aoi Miyamori si tiene occupata ad affrontare i problemi ordinari nel suo lavoro quotidiano alla Musashino Animation. Dopo un incontro mattutino, Watanabe parla con Aoi e la mette a capo di un nuovo progetto anime teatrale per lo studio. Il progetto ha problemi inaspettati e Aoi non è sicuro che la società possa procedere con un anime cinematografico con il suo stato attuale delle cose. Mentre affronta quell'ansia, Aoi incontra una nuova collega di nome Kaede Miyai. Lei e il team di MusAni lavorano insieme per completare il progetto.