Minato Sahashi è estremamente intelligente, ma a causa della sua incapacità di far fronte alla pressione ha fallito due volte l'esame di ammissione all'università. Di conseguenza, è stato bollato da molti come un idiota e un perdente. Un giorno, dopo aver parlato con la madre, ancora una volta delusa, entra in contatto con una ragazza di nome Musubi che era sotto attacco. La ragazza corre ma lo porta con sé e presto scopre che Minato, anche se a lui sconosciuto, è un Ashikabi, uno dei misteriosi maestri che hanno il tratto genetico che può diventare partner di alcune delle 108 ragazze carine, donne formose e bishounen chiamate "Sekirei". Il motivo della partnership permette ai Sekirei di usare tutto il loro potere per vincere nella competizione indetta dalla misteriosa corporazione MBI.