L'equilibrio dei mondi è mantenuto dagli eroi. Improvvisamente una meteora rovente cade su uno di questi mondi, chiamato Neo World. Un giovane affetto da amnesia di nome Wukong Impulse Gundam appare nel punto in cui è atterrato. Il caos che inizia con questo incidente si diffonde negli altri mondi, uno dopo l'altro. Allo stesso tempo, Zhuge Liang Freedom Gundam apprende attraverso l'astrologia di un disastro imminente. Lui e il suo amico giurato Liu Bei Unicorn Gundam agiscono per salvare i mondi da questa crisi e iniziano un viaggio insieme a Wukong.