L'anno è il 1983. La Guerra Fredda è in pieno svolgimento e l'umanità è sotto attacco. Strani alieni, a cui è stato dato il nome di "BETA", sono scesi sulla Terra e hanno distrutto tutta la vita. I soldati sono stati incaricati di pilotare grandi tute da combattimento chiamate Tactical Surface Fighters (TSF) per respingere gli invasori alieni, ma la linea del fronte viene lentamente respinta verso le città sopravvissute. Schwarzesmarken segue la storia di Theodor Eberbach e degli altri membri del 666th TSF Squadron Schwarzesmarken (Marchi Neri), un'unità spietata che dà più valore al completamento di una missione che alla vita umana. Di stanza nella Germania dell'Est sulla linea Oder-Neisse e guidata dall'eroe di guerra Capitano Irisdina Bernhard, l'unità è specializzata in attacchi di contrattacco su BETA di classe laser. Ma il 666° Squadrone si ritrova con più nemici delle sole forze aliene quando l'ottimista recluta Katia Waldheim si unisce allo squadrone, attirando l'attenzione della polizia segreta della Germania dell'Est, la Stasi.