2112; l'Estate prima che Akane Tsunemori fosse assegnata alla Divisione Uno del Dipartimento di Investigazione Criminale dell'Ufficio di Pubblica Sicurezza. Teppei Sugo, un esperto pilota della 15a Joint Task Force della Forza di Difesa, si unisce all'operazione militare a Okinawa. Tre mesi dopo, un drone da combattimento senza pilota apre il fuoco sul Ministero della Difesa a Tokyo. L'esecutore Tomomi Masaoka della Divisione Uno del CID viene inviato alla base militare di Sugo per indagare sulla verità dietro questo caso.