Ambientato un anno e mezzo dopo Psycho-Pass, avendo appreso la vera natura del Sistema Sibilla, Akane Tsunemori ha scelto di obbedire al sistema, credendo sia nell'umanità che nell'ordine legale. Fa parte di una nuova sezione di polizia e trascorre la sua vita quotidiana affrontando i criminali. All'insaputa di Akane, tuttavia, un mostro che scuoterà il sistema fino al midollo sta per apparire davanti a lei.