Un ragazzo di nome Sosuke salva un pesce rosso di nome Ponyo e intraprendono un fantastico viaggio di amicizia e scoperta prima che il padre di Ponyo, un potente stregone, la costringa a tornare a casa sua in mare. Ma il desiderio di Ponyo di essere umano sconvolge il delicato equilibrio della natura e scatena una gigantesca tempesta. Solo la madre di Ponyo, una bellissima dea del mare, può ristabilire l'equilibrio della natura e realizzare i sogni di Ponyo.