Quando i ricercatori scoprono e sfruttano un fossile del Pokémon misterioso Mew, scatenano un una creazione che va contro le leggi stesse della natura. Il Pokémon leggendario Mewtwo era destinato all'uso come strumento di distruzione. Ma come Mewtwo prende coscienza della propria dubbia origine, inizia a risentirsi dei suoi creatori umani e cerca vendetta...