Dall'altra parte del mondo, esiste un'altra misteriosa dimensione speculare conosciuta come il Mondo Inverso. In questo spazio unico vive il leggendario Pokemon Giratina, un Pokemon simile a un dio che presto si ritrova in una grande lotta con il leggendario Pokemon Dialga! Perché questi due Pokemon stanno combattendo? E qual è il segreto di questo Mondo Inverso? Nel frattempo, Satoshi e i suoi amici sono in viaggio quando vengono accolti da un altro Pokémon leggendario, Shaymin. Questo Pokemon carino e un po' sfacciato custodisce il segreto della battaglia tra i due Pokemon divini, ma gli succede qualcosa di inaspettato durante il suo viaggio. Per salvare entrambi i mondi, Satoshi unisce le forze per fermare i combattimenti una volta per tutte!