Satoshi e i suoi amici si recano a LaRousse, dove incontrano un ragazzo di nome Tooi che ha paura dei Pokemon a causa di un incidente accaduto quattro anni prima. Nel frattempo, Deoxys, un Pokemon proveniente dallo spazio, è riapparso, mettendo una barriera intorno alla città e rapendo le persone. Rayquaza, un Pokemon che vive nell'atmosfera, viene a combatterlo.