Satoshi, Iris e Dent continuano il loro viaggio attraverso la regione di Isshu. Dopo aver vinto con successo la sua 8ª Medaglia Palestra contro Homika a Tachiwaki City, Shirona invita tutti a rimanere nella sua villa a East Isshu, dove risiede anche il vecchio amico Hikari, e a partecipare alla Coppa Junior del Torneo Mondiale Pokémon prima che Satoshi partecipi alla Lega Unima. Il Team Rocket, nel frattempo, inizia il suo piano finale per la regione di Isshu: qual è il loro scopo nel loro desiderio per il Pokémon leggendario Meloetta?