Basato sul MMORPG Phantasy Star Online 2 pubblicato da SEGA. Copre i primi tre episodi del gioco originale e una storia originale. La trama del gioco segue i membri di un'organizzazione di esplorazione planetaria ARKS, basata sulla flotta coloniale Oracle che è alla ricerca di un pianeta abitabile per la sua popolazione. I membri dell'ARKS difendono Oracle e altri pianeti dai mostri chiamati Darkers, che sono sotto il controllo dei malvagi Dark Falzes.