Ren Amamiya sta per entrare nel suo secondo anno dopo essersi trasferito alla Shujin Academy di Tokyo. A seguito di un particolare incidente, la sua Persona si risveglia e, insieme ai suoi amici, formano i "Phantom Thieves of Hearts" per riformare i cuori degli adulti corrotti rubando la fonte dei loro desideri distorti. Nel frattempo, crimini bizzarri e inspiegabili sono spuntati uno dopo l'altro... Vivendo una normale vita liceale a Tokyo durante il giorno, il gruppo manovra la città metropolitana come Phantom Thieves dopo ore. Che il sipario si alzi per questa grande storia picaresca!