La storia si svolge nell'anno 2138, quando i giochi di realtà virtuale sono in piena espansione. Yggdrasil, un popolare gioco online, un giorno viene chiuso silenziosamente. Tuttavia, il protagonista Momonga decide di non disconnettersi. Momonga viene quindi trasformato nell'immagine di uno scheletro come "il mago più potente". Il mondo continua a cambiare, con i personaggi non giocanti (NPC) che iniziano a provare emozioni. Non avendo genitori, amici o posto nella società, questo giovane Momonga si sforza di conquistare il nuovo mondo che il gioco è diventato.