La storia inizia da qualche parte tra l'arco di Thriller Bark e l'arco di Sabaody Archipelago. Il nome del cattivo principale è "Leone d'oro" Shiki. 20 anni fa ha perso una battaglia contro Monkey D. Garp e Sengoku ed è stato imprigionato a Impel Down, ma è riuscito a fuggire. Dopodiché inizia a raccogliere la sua ciurma e ruba Nami per farne il suo navigatore. Rufy cerca di raggiungere il nascondiglio di Shiki per liberare il suo amico.