Higan è un Nukenin, un ex ninja fuggito dal suo clan e che si nasconde dal suo passato violento nell'America rurale con la sua famiglia. Una notte, subisce un'imboscata da una squadra di assassini della sua ex organizzazione che esige una sanguinosa punizione su Joe e la sua famiglia per aver tradito il loro antico codice. Risorto dalla sua apparente "morte", Joe riemergerà come se stesso - Ninja Kamui - per vendicare la sua famiglia e i suoi amici. Kamui è un ninja del 21° secolo, un oscuro anacronismo che contrappone le sue antiche abilità ad armi high-tech con brutale finezza. Deve affrontare assassini addestrati, cyborg da combattimento e ninja rivali per abbattere il clan che lo ha creato.