Assegnato a una missione per catturare Mukade, un nono scomparso, Naruto Uzumaki parte per le rovine storiche un tempo gloriose di "Ouran", dove insegue e mette alle strette i ninja canaglia. L'obiettivo di Mukade si rivela essere una leyline dormiente all'interno delle rovine; Scatena il potere della leyline, facendo sì che una luce avvolga Naruto, mandandolo nel passato, 20 anni prima dell'inizio della serie. Quando Naruto si risveglia, entra in contatto con il Quarto Hokage, Minato Namikaze.