Un misterioso gruppo di ninja sferra un attacco a sorpresa al Konohagakure, che subisce gravi danni. L'incubo di un'altra guerra mondiale Shinobi potrebbe diventare realtà. Sasuke, che ha lasciato Konoha per uccidere suo fratello, Itachi, appare per la seconda volta di fronte a Naruto in un luogo sconosciuto per impedire che si realizzi.