Silenzioso, apatico ma malizioso, il quattordicenne Rokujou Miharu è il portatore dell'hijutsu, "Shinrabanshou", una potente tecnica che molti clan ninja desiderano possedere per diventare il sovrano di Nabari. Il compagno di classe Kouichi e il suo insegnante di inglese Kumohira sono entrambi segretamente ninja del clan Banten, impegnandosi a proteggere Miharu dai suoi numerosi aggressori. Mantenendo l'apatia, Miharu tenta di rifiutare il loro invito a unirsi al loro "club" ninja, tuttavia, dopo numerosi attacchi; Non trova altra scelta che unirsi al loro gruppo come mezzo per la sua sopravvivenza. Lentamente, Miharu fa un passo avanti per diventare il sovrano di Nabari.