Dopo la Colonia 196 - È passato un anno dalla fine della guerra tra la Terra e le sue colonie. Heero, Duo, Trowa e Quatre dicono addio ai loro Gundam e li gettano al sole. Relena Darlian è ora il vice ministro della Nazione Unificata della Sfera della Terra. Ma mentre i piloti del Gundam si stanno adattando alla pace sulla Terra, Relena viene rapita e appare una nuova minaccia, guidata da Marimeia Khushrenada, figlia del defunto dittatore Treize Khushrenada ed erede della Barton Foundation. Per rendere le cose più complicate, il pilota di Gundam Nataku Wufei si è schierato con questa fazione. I piloti di Gundam devono recuperare i loro mobile suit e impegnarsi ancora una volta in battaglia prima che le forze di Marimeia riescano nel loro tentativo di dominare il mondo.