U.C. 0096. Tre anni dopo la ribellione di Char, Banagher Links, un ragazzo che vive nella colonia manifatturiera Industrial 7, incontra una misteriosa ragazza di nome Audrey Burne. Afferma di cercare di prevenire una potenziale guerra interferendo con il trasferimento della "Scatola di Laplace" dalla Fondazione Vist a un gruppo residuo di Neo Zeon noto come le "Maniche". Tuttavia, quando una squadra della Federazione inviata per prevenire il trasferimento si scontra con i Sleeves, la colonia viene immersa in battaglia. Mentre Banager corre tra le fiamme alla ricerca di Audrey, lo attende un altro incontro fatidico: l'Unicorn Gundam, un mobile suit bianco pallido che è la chiave della Laplace's Box. Cos'è la scatola di Laplace? Quali sono i segreti che custodisce? Per la prima volta in 100 anni, la luce brillerà sui segreti più oscuri del Secolo Universale...