Durante la Guerra di un anno dell'U.C. 0079, la Federazione Terrestre e il Principato di Zeon ingaggiano una feroce battaglia nel "Settore Thunderbolt", una zona secca nell'ex Colonia Lato 4 "Moore". Dopo essersi infiltrato con successo nel campo dei cecchini di Zeon, l'asso della Federazione e appassionato di jazz Io Fleming riceve il controllo dell'ultimo prototipo di Gundam.