L'anno è il 2314 d.C., due anni dopo l'ultima grande battaglia dell'Essere Celeste e il mondo affronta una nuova crisi. Una nave da esplorazione di Giove abbandonata, abbandonata 130 anni fa, ha lasciato la sua orbita e si sta avvicinando alla Terra. L'ESF ha anche iniziato a sfruttare il potere degli innovatori attraverso lo sciamano Cartesio. L'esposizione del mondo alle particelle GN ha portato molte persone a risvegliarsi come Veri Innovatori. Rendendosi conto dei benefici militari di tali individui, la Federazione della Sfera Terrestre ha iniziato a ricercare l'innovazione e a sfruttare le capacità degli Innovatori emergenti. Mentre l'Essere Celeste e i suoi Gundam Meisters iniziano la loro missione finale per salvare l'umanità da una minaccia inimmaginabile, gli Extraterrestrial Living-metal Shape-shifters (ELS), Gundam Meister Setsuna F. Seiei sta per scoprire il vero scopo della sua evoluzione come Innovatore e la natura dei "dialoghi" per i quali il piano di Aeolia Schenberg aveva preparato la razza umana.