La storia si svolge dopo che il 90% dell'umanità è stata spazzata via a causa di un'invasione. I sopravvissuti vivono in un rifugio dove le loro vite sono monitorate e i ricordi dell'invasione cancellati. Tre adolescenti del rifugio vengono scelti per pilotare tre macchine che si combinano per formare il robot Musashi, fatto di un materiale chiamato lega Megatronium. La serie bilancerà l'azione dei robot con la vita scolastica.