Quando la neoeletta presidente del Consiglio studentesco Medaka Kurokami propone la sua idea di una cassetta dei suggerimenti in cui le persone possono inviare problemi che devono essere risolti, si aspetta cose come salvare cuccioli smarriti e dare consigli. Quello che lei e il suo migliore amico Zenkichi scoprono, invece, sono i primi indizi di un incredibile segreto, e la loro scuola, l'Accademia Hakoniwa e la stessa Medaka sono in qualche modo al centro del vortice in crescita! Mentre quello che sembrava un innocente passatempo si trasforma in un gioco pericoloso, Medaka e le sue reclute del Consiglio Studentesco scoprono nuove profondità sia per se stesse che per le loro abilità inaspettate. E poi le cose vanno davvero fuori controllo!