Rune Balot è una prostituta adolescente squattrinata di Mardock City. Un giorno, viene raccolta da un ambizioso manager di casinò di nome Shell che le dà tutto ciò che può desiderare. Rinnovata da una falsa innocenza, da un falso passato e ora dalla falsa vita che Shell le ha dato, Balot si sente grata. Tuttavia, non può fare a meno di essere curiosa di sapere perché ha fatto così tanto per lei, quindi fa alcune ricerche sul suo passato su un computer. Questo si rivela essere un errore che cambierà notevolmente la sua vita. Quando Shell scopre cosa ha fatto, tenta di bruciarla a morte facendo saltare in aria la sua auto. A causa dell'alto tasso di criminalità a Mardock, una nuova legge chiamata "Scramble 09" ha dato alla polizia carta bianca per adottare misure estreme e altrimenti illegali per rianimare i testimoni del crimine. Con questo in mente, permettono a un professore di riportare Balot dall'orlo della morte riassemblando tutto il suo corpo con fibre sintetiche rinforzate. Quando finalmente si sveglia, il suo stato mentale confuso si trasforma in vendetta quando Shell si rivela essere il suo assassino.