Il manga si svolge quattro anni dopo l'incidente di JS in Magical Girl Lyrical Nanoha StrikerS, e ha come protagonista Vivio Takamichi, uno studente del quarto anno delle elementari alla St. Hilde Academy of Magic. Vivio ha imparato a evocare la sua forma adulta e ha ricevuto il suo Dispositivo - chiamato Sacro Cuore - da Nanoha, e ha promesso a Nanoha di non usare mai nessuno dei due per fare del male. Poi appare un misterioso combattente magico che prende di mira Vivio.