Ambientato 10 anni dopo Mahou Shoujo Lyrical Nanoha A's, Nanoha, Fate, Hayate e il resto dell'equipaggio lavorano ora a tempo pieno nell'Ufficio di Amministrazione Spazio-Temporale. Nanoha è un istruttore di combattimento, Fate è un investigatore speciale e Hayate è un ufficiale comandante. Devono unirsi ancora una volta per salvare le dimensioni. Introducono anche nuovi personaggi: Subaru, Teana, Caro ed Erio. Attendere. Pronto. Impostare!