Dopo gli eventi del caso Logia Perduta, Nanoha attende pazientemente il giorno in cui potrà riunirsi con il suo nuovo amico, Fate. Pur essendo una maga eccezionalmente potente, Nanoha trascorre normalmente le sue giornate con i suoi amici sulla Terra. Ma la pace viene ancora una volta improvvisamente infranta, poiché Nanoha viene attaccata senza preavviso da un potente mago. Un gruppo di maghi violenti ha attaccato qualsiasi cosa con potere magico per i propri scopi. Nanoha e Fate, insieme ai loro amici Yuuno, Arf, Chrono e l'Ufficio di Amministrazione Spazio/Tempo, devono ancora una volta unirsi per impedire a questi maghi rinnegati di fare del male a chiunque o a qualsiasi altra cosa. Si svolge dopo la prima stagione di Lyrical Nanoha.