Kaito Kuroba, un normale studente adolescente il cui padre è spesso assente. Quando suo padre muore in circostanze misteriose, viene messo a conoscenza dell'identità segreta di suo padre; un famoso criminale internazionale noto come Criminale Internazionale 1412: il Ladro Fantasma, e che è stato assassinato da una misteriosa organizzazione per essersi rifiutato di aiutarli a recuperare la "Gemma di Pandora"; una pietra mistica che si dice versi una "lacrima" durante il passaggio di una particolare cometa (spesso chiamata "Volley Comet"), il cui consumo conferisce l'immortalità. Giura di impedire all'organizzazione di ottenere l'immortalità e assume l'identità di suo padre mentre inizia la sua ricerca della gemma. I suoi unici indizi sulla posizione della gemma sono che si illumina di rosso sotto la luna piena e che si tratta di un doppietto: una gemma nascosta all'interno di una gemma più grande. Quindi, dovrebbe essere relativamente grande con una storia bizzarra e sempre conservato in un luogo che non riceve mai la luce della luna. In questo modo ricerca e ruba gemme famose e inestimabili con storie strane da aree incredibilmente ben difese, e le restituisce sempre dopo la luna piena successiva.