Dopo aver celebrato la loro vittoria contro Al-Thamen, Aladino e i suoi amici lasciano la terra di Sindria. Con la fine della battaglia, tuttavia, arriva il momento per ognuno di loro di prendere strade separate. Hakuryuu e Kougyoku ricevono l'ordine di tornare nel loro paese d'origine, l'Impero Kou. Nel frattempo, Aladdin annuncia che deve dirigersi a Magnostadt, un misterioso paese governato da maghi, per indagare sui misteriosi eventi che accadono in questo nuovo regno e diventare più abile nella magia. Da parte loro, incoraggiati dalle parole di Aladino, anche Alibaba e Morgiana si mettono in viaggio per perseguire i propri obiettivi: rispettivamente allenarsi e andare in patria. Magi: The Kingdom of Magic segue questi amici mentre affrontano le loro avventure separate, ognuno affrontando le proprie sfide. Tuttavia, una nuova minaccia inizia a sorgere mentre una grande guerra si profila all'orizzonte...