A.D. 2009 - La razza umana è nel bel mezzo di una guerra a tre con una razza di alieni umanoidi giganti chiamati Zentraedi (maschio) e Meltrandi (femmina). Dopo aver eseguito un piegamento spaziale che l'ha mandata insieme a parte dell'Isola di Atalia Meridionale ai confini del Sistema Solare, la fortezza spaziale Macross è sulla via del ritorno sulla Terra. Durante una piccola scaramuccia con le forze Zentraedi, il giovane pilota Hikaru Ichijo salva la cantante idol Lynn Minmay e la loro relazione si sviluppa mentre sono bloccati da qualche parte all'interno della nave. Ma poco dopo essere tornato a Macross City, Minmay viene catturato dagli Zentraedi e Hikaru e l'ufficiale donna Misa Hayase tornano sulla Terra, solo per vedere le conseguenze della distruzione della loro civiltà. Solo una canzone scoperta eoni fa - insieme alla voce di Minmay - può determinare l'esito della guerra.