Kamui è un ninja del periodo Edo che ha deciso di lasciare il suo clan. Dopo averlo fatto, viene inseguito senza sosta dai membri del suo ex clan; che lo considerano un traditore e quindi desiderano ucciderlo. Kamui vaga quindi per il Giappone per sfuggire a loro usando la sua intelligenza e le sue grandi capacità per sopravvivere. Nel corso della serie, Kamui inizia a soffrire di paranoia a causa del suo status di uomo perseguitato. Kamui iniziò quindi a credere che tutti volessero ucciderlo e divenne diffidente nei confronti di tutti quelli che incontrava.