Il protagonista Jonathan Joestar, nell'Inghilterra alla fine del diciannovesimo secolo, è il figlio del ricco lord George Joestar I. Questi adotta Dio Brando, coetaneo di Jonathan e figlio di Dario, uno sbandato che lo stava derubando a seguito di un incidente e che lui crede gli abbia salvato la vita. Dio, la cui vera indole è ambiziosa e perversa, vuole impadronirsi del casato dei Joestar, prima privando Jonathan di ogni amicizia e affetto, e poi cercando di uccidere il genitore adottivo con lo stesso veleno con cui aveva ucciso il padre. Scoperto e messo alle corde, usa su di sé la Maschera di Pietra, un portentoso artefatto di origine azteca in grado di trasformare l'uomo in un vampiro. Per affrontarlo, Jonathan apprenderà la tecnica delle onde concentriche dal misterioso avventuriero Will A. Zeppeli, grazie alla quale potrà scontrarsi contro zombie e cavalieri medievali evocati da Dio Brando, tra i quali Jack lo Squartatore, Bruford e Tarkus, e Doobie lo spettro, fino allo scontro finale con il nemico. Alla fine Jonathan muore tragicamente, portando con sé (nell'esplosione finale della nave che avrebbe dovuto condurlo in viaggio di nozze) la testa, ancora viva e pericolosa, di un Dio Brando ormai disperato che cerca di appropriarsi del corpo del suo rivale. Entrambi periscono nell'esplosione e nell'affondamento della nave. O almeno così sembra...