La storia è ambientata in un mondo in cui l'umanità, cacciata dalla terra dalla minaccia di magici insetti corazzati, ora vive in città galleggianti aeree. Così nacquero i maghi, maghi da combattimento aereo che combattono gli insetti con poteri magici. Kanata Age (Eiji) è un giovane che vive nella città galleggiante dell'accademia dei maghi di "Misutogan". Un tempo era celebrato come il "Maestro Spadaccino Nero", l'asso d'élite della squadra speciale S128. Tuttavia, ora è disprezzato come il "traditore della squadra speciale". Un giorno, viene assegnato come istruttore dell'E601, una squadra che ha subito 10 sconfitte consecutive. E601 ha tre ragazze - Misora Whitale, Lecty Eisenach e Rico Flamel - con una o due stranezze peculiari.