Dopo l'omicidio di suo padre, Ryuuko Matoi ha vagato per il paese alla ricerca del suo assassino. Seguendo la sua unica pista - la metà mancante della sua invenzione, la Scissor Blade - arriva alla prestigiosa Accademia Honnouji, una scuola superiore diversa da tutte le altre. L'accademia è governata dall'imponente e fredda presidentessa del consiglio studentesco Satsuki Kiryuuin e dai suoi potenti sottoposti, gli Elite Four. Nella gerarchia brutalmente competitiva della scuola, Satsuki conferisce a coloro che sono in cima alla classifica degli abiti speciali chiamati "Uniformi di Goku", che conferiscono a chi li indossa capacità sovrumane uniche.