Gennaio 1999: L'apprendista maga Azaka Kokutou, sorella minore di Mikiya, riceve l'ordine dal suo mentore, Touko Aozaki, di indagare su un certo incidente in cui le fate rubano i ricordi degli studenti della scuola di Azaka, l'Accademia Reien. Azaka avvia un'indagine con l'aiuto di Shiki.