Yashiro Isana ha vissuto una vita relativamente ordinaria e semplice. Vive nella città tecnologicamente avanzata di Shizume e frequenta la Ashinaka High School, una notevole scuola superiore che si trova su un'isola appena fuori dalle aree. Yashiro è amichevole con tutti. Non sembra esserci nulla di sbagliato in lui, tranne forse la sua abitudine di dimenticare dove si trova il suo PDA rilasciato dalla scuola. Tuttavia, non è accaduto nulla di normale dopo il recente omicidio di Tatara Totsuka, membro di spicco del famigerato HOMRA. Nessuno sa esattamente chi lo abbia ucciso, ma l'uomo responsabile ha un aspetto inquietante e identico a Yashiro. In cerca di vendetta, i membri del Clan Rosso di HOMRA decidono di catturare Yashiro e ucciderlo. Tutti sospettano che Yashiro sia l'assassino.