Dopo essersi trasferito nella tranquilla cittadina di Hinamizawa, Maebara Keiichi trascorre le sue giornate beatamente a scuola, spesso giocando con i suoi amici locali. Tuttavia, le apparenze possono ingannare. Un fatidico giorno, Keiichi si imbatte nella notizia di un omicidio avvenuto a Hinamizawa. Da questo punto in poi, eventi orribili si svolgono di fronte a Keiichi, che presto scopre che i suoi amici più stretti potrebbero non essere quello che sembrano. Basato sul gioco di mistero amatoriale di 07th Expansion, la storia è raccontata in una serie di scenari diversi.