In un futuro non così lontano, l'umanità è avanzata a uno stato in cui è possibile il trapianto completo del corpo dalla carne alla macchina. Ciò consente un grande aumento dell'abilità fisica e cibernetica e offusca i confini tra i due mondi. Tuttavia, i criminali possono anche fare pieno uso di tale tecnologia, portando a nuovi crimini e, a volte, molto pericolosi. In risposta a questi nuovi metodi innovativi, il governo giapponese ha istituito la Sezione 9, un'unità di polizia indipendente che si occupa di crimini altamente sensibili. Guidata da Daisuke Aramaki e Motoko Kusanagi, la Sezione 9 si occupa di tali crimini in tutto lo spettro sociale, di solito con successo. Tuttavia, di fronte a un nuovo hacker di livello A soprannominato "The Laughing Man", la squadra viene catapultata in un pericoloso gioco del gatto e del topo, seguendo le tracce dell'hacker mentre lascia il segno sul Giappone.